Diskografi single L'Arc en Ciel sepanjang masa bagian kedua, dimulai dari era album HEART (1998) hingga album REAL (2000). Era ini dimulai dengan kedatangan yukihiro, drummer baru pengganti sakura, hingga Laruku memutuskan untuk vakum sementara pada tahun 2000, setelah perilisan single Spirit Dreams Inside. Era ini bisa dikatakan sebagai era tersukses bagi Laruku, karena hampir semua single mereka meraup posisi 1 di Oricon Chart. Termasuk single terlaris mereka sepanjang masa, Honey (1998).
Era kedua bagi L'Arc en Ciel dimulai dari perilisan single Niji pada 17 Oktober 1997 yang merupakan single kebangkitan mereka pasca keluarnya sakura. Single ini direspons positif oleh penggemar musik Jepang, membuat Laruku mendapatkan posisi tertinggi mereka dibandingkan sebelumnya, nomor 3 Oricon Chart. Momentum ini dilanjutkan dengan single Winter Fall yang menjadi single pertama Laruku yang menjadi single pertama juara Oricon Chart.
Hal tersebut belum cukup. Tahun 1998 menjadi tahunnya L'Arc en Ciel. Pada 8 Juli 1998 Laruku merilis tiga single sekaligus dalam sehari, yaitu Honey, Kasou, dan Shinshoku -lose control-. Honey menduduki peringkat pertama Oricon Chart, dan terjual 1,2 juta kopi. Kasou, hanya di urutan keempat, tetapi terjual lebih dari sejuta kopi. Sementara Shinshoku berhasil di urutan kedua meski angka penjualan tidak sampai seperti dua single lain.
Terobosan lain dilakukan pada pertengahan Oktober 1998. Ketika itu L'Arc en Ciel merilis dua single dalam dua minggu beruntun, Snow Drop dan Forbidder Lover. Keduanya sama-sama meraih peringkat pertama di Oricon Chart. Setelah itu, sepanjang 1999 masih ada empat single lain yang dirilis Laruku. Puncaknya adalah double album pada 1999, ARK dan RAY.
Setelah kesuksesan gilang gemilang itu, L'Arc en Ciel merilis album REAL yang cenderung lebih idealis dibandingkan proyek mereka sepanjang 1998 hingga 1999. Lalu tanda-tanda Laruku mulai meredup terlihat dari peluncuran album the best pertama mereka, Clicked Singles Best 13 pada Maret 2001. Band ini masih merilis satu single lagi, Spirit Dreams Inside sebagai soundtrack Final Fantasy: The Spirits Within pada 5 September 2001. Tapi setelah itu jelas, masing-masing personel terlibat dalam proyek solo sendiri, dan Laruku pun vakum.
Berikut ini diskografi single L'Ar en Ciel era HEART hingga REAL.
| Tahun | Single | Posisi | Penjualan | Album |
| 1997 | "Niji" (虹) | 3 | 723,211 | Heart |
| 1998 | "Winter Fall" | 1 | 849,835 | |
| "Dive to Blue" | 1 | 859,035 | Ark | |
| "Honey" | 1 | 1,238,414 | ||
| "Kasou" (花葬) | 4 | 1,049,639 | RAY | |
| "Shinshoku ~Lose
Control~" (浸食 ～Lose Control～) |
2 | 938,401 | ||
| "Snow Drop" | 1 | 1,146,101 | ||
| "Forbidden Lover" | 1 | 838,815 | ||
| 1999 | "Heaven's Drive" | 1 | 1,123,580 | Ark |
| "Pieces" | 1 | 734,710 | ||
| "Driver's High" | 2 | 340,480 | ||
| "Love Flies" | 1 | 514,450 | REAL | |
| 2000 | "Neo Universe/Finale" | 1 | 1,103,880 | |
| "Stay Away" | 2 | 733,660 | ||
| "Spirit Dreams Inside -Another Dream-" | 1 | 287,050 | SMILE |
